施工单位认为：建设单位主张工程加固费和工期延误损失已超过诉讼时效。工程质量修复发生在2011年10月4日，工期延误损失发生在2011年10月4日至2011年10月30日期间，三新公司于2019年4月起诉请求中十冶公司支付相关费用，已超过诉讼时效期限。
施工单位上报的结算书中包括案涉工程的工程量、工程价款、延误工期损失及工程质量问题加固维修等事宜，由此可证明，建设单位与施工单位一直在就案涉工程质量问题造成的损失进行协商。因双方未能就案涉工程结算达成一致意见，施工单位在向建设单位主张工程款后，建设单位又提起诉讼要求施工单位支付工程加固费用及工期延误损失的诉讼时效并未届满。
2009年8月15日，中十冶公司与三新公司就涉案工程签订《建设工程施工合同》，约定将西宁市七一路及花园北街街景整治项目3#、4#楼工程交由中十冶公司施工。2009年9月1日开工至2011年9月30日竣工，总工期761天。施工过程中，双方对案涉工程质量问题产生争议。并委托质检单位对质量问题进行了检测，检测报告显示：“现龄期混凝土强度推定值在31.3-46.7Mpa之间，但按合同设计强度C45。”2011年7月6日中十冶公司向三新公司发工作函，“……在此之前对二层以下的砼强度等级多次做过检测，其检测结果差异较大，用此结果编制加固方案可能会出现漏洞。在此情况下我方申请由双方重新申请检测公司对青海华亿建筑工程质量检测有限公司检测结果中砼强度等级在C42以下的框架柱作重新检测。其检测结果将作为编制加固方案的依据……”。后双方未能达成一致意见。
2011年5月7日至2012年9月14日，中十冶公司将涉案工程移交进行了退场。2011年6月22日中十冶公司上报结算，总价为2000余万元。
二审法院认为：本案二审庭审中，中十冶公司认可2011年6月22日的上报结算书包括案涉工程的工程量、工程价款、延误工期损失及工程质量问题加固维修等事宜，且上报结算书已加盖中十冶公司印章，虽该上报结算书没有得到三新公司签字盖章认可，但由此可证明，三新公司和中十冶公司一直就案涉工程质量问题造成的损失进行协商、处理。故，三新公司向一审法院提出的诉讼请求并未超过诉讼时效。
再审法院认为：因双方未能就案涉工程结算达成一致意见，三新公司于中十冶公司起诉其支付工程款后，提起诉讼要求中十冶公司支付工程
《民法典》第188条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。上述规定较为原则，也比较容易理解，但是在建设工程案件的争议解决实践中，因为合同履行周期长、涉及债权范围广、结算索赔程序复杂等原因，导致实践中容易产生认识偏差，从而容易因诉讼时效等问题对主张责任一方产生不利影响。本文拟结合司法案例对工程款及工期、质量违约金的诉讼时效问题进行全面分析并提供相关实务建议。
债权债务关系尚未最终确认，建设单位认为：因我司尚未与中十冶公司就案涉工程款进行结算，对于合同约定的义务并未履行完毕，故不存在超过诉讼时效的情况。
2019年1月，施工单位提起诉讼，要求三新公司支付涉案工程的欠付工程款及利息等。2019年3月，三新公司另行提起，主张质量索赔违约金及工期延误违约金。
